Bem, pelo que sei o fio do meio (no caso da foto, o terminal de cima) é o terra (negativo). Os outros fios da extremindade são os positivos, um do farol baixo e outro do farol baixo. Então na hora de medir, a caneta preta deve ficar no meio e a caneta preta em um dos outros terminais. Escolhendo um dos terminais, a medida deve ser zero com a chave respectivo farol desligada, e com a chave ligada, alguma coisa em torno de 12V. Mesma coisa pro outro terminal.
Do jeito que mediu, me parece que sua medida deveria estar com sinal negativo, pois colocou a caneta vermelha (positivo) no terminal negativo. Como vc alternou a caneta preta entre os dois terminais das extremidades, deveria estar medindo ora a tensão do farol baixo ora a tensão do farol alto (ambas com sinal negativo por causa da troca entre positivo e negativo). A diferença na medida (12,7V e 13,5V) me parece normal, pois cada fiação do farol baixo e alto deve ter uma queda de tensão diferente, causada por vários fatores, como comprimentos de fio diferentes, mau contato na chave e/ou terminais ou alguma variação dentro da tolerância no processo de fabricação dos componentes do sistema.
Engraçado que no samurai a fiação é trocada (carro japa!!), o positivo é o comum (terminal do meio) e dois negativos, um do farol baixo outro do alto, fato que exige alguma solução pra instalar o relé auxiliar, como uso de outros relés pra inverter o sinal, isolar a carcaça do relé e ligar o positivo nela, ou algo como o que fiz no meu (veja aqui)
abs.