Perguntinhas complicadas, heim?
Quanto a motorização, não creio que o motor citado tenha sido objeto de muitas modificações de Samurais (se é que foi de alguma...). Assim sendo, a "experiência prática" é pequena. Mas há algum tempo é feita atroca do motor Suzuki por VW AP 1.8. Em teoria, é possível. Mas para qual finalidade? Um motor diesel tem (normalmente) mais torque em baixas rotações (o que é bom para o off road) que os equivalentes a gasolina, além de ser mais robusto (o que também é bom para off road). Agora, se a troca é viável/compensadora, isso vai depender mais do uso que se queira dar ao veículo do que das suas (do motor) caracaterísticas técnicas. E também do "tamanho do bolso" do freguês...
Para responder a pergunta de " - Qual a melhor fase do Samurai? - " é preciso saber o que você considera como "melhor". O modelo 95 é considerado muito bom para a prática do off road "puro e duro" por ter suspensão em feixe de mola e motor com injeção eletrônica. A partir de 97 (não sei por que não vejo modelos 96...) a supensão dianteira passa a ter molas helicoidais. Mas como muito dos proprietários fazem (profundas) modificações/adaptações, isso acaba não importando tanto assim.
Um Samuca 93 ou 94 realmente inteiro é difícil de se encontrar. Por isso, costuma ser caro (pode chegar perto da casa dos R$ 30.000,00). Um que "não esteja destruído" fica por volta de R$ 20.000,00. Preços aproximados, obviamente.
Até o modelo 95, o mais importante é verificar o estado do chassis. Se apresentar muitas marcas de soldagem, tricas ou outras marcas de abuso, melhor deixar para lá. O câmbio é outro ítem importante a ser verificado, bem como a caixa de acoplamento.
Peças em geral não costuma ser raras nem muito caras (a manutenção corriqueira é das mais baratas para veículos off road). Mas algumas peças específicas (lanternas e vidros) podem virar "moscas da cabeça branca".
O Samurai é um bom jipe. Pequeno e leve, se sai muito bem nas trilhas e permite uma enorme gama de preparações. O bolso do proprietário é o limite.
[]s.