O motor diesel 1.6 da Kombi é muito fraco. Se você colocar ele na rural, vai ser a mesma coisa de um carro mil movido a gás GLP. Só vai estar jogando dinheiro fora.
Com relação a documentação, se o motor tiver baixa no detran e você possuir nota fiscal de compra, ou seja, tudo dentro da lei, é só montar o motor do carro, ir ao despachante e solicitar a modificação do combustível na documentação, levar o carro para a vistoria, se estiver tudo OK, o delegado vai te dar a autorização necessária, e o despachante pode terminar o processo de documentação. Pelo menos é mais ou menos assim que funciona aqui em São Paulo.
Abraços,
Dirceu