Eu tive um problema semelhante e era a bomba de combustível, após rodar por uns 10 ou 15 minutos com velocidade acima de 70 km/h pareceia que cortava a alimentação de combustível e a velocidade ía caindo até parar, aí era só parar, dar a partida novamente que voltava a funcionar porém se continuasse rodando acima de 70 km/h o defeito voltava em poucos metros. Como você disse que a bomba é nova, já é uma possibilidade e menos a não ser que o defeito tenha aparecido justamente após a troca da bomba, afinal não é impossível que tenha vindo com defeito, dá uma olhada se o filtro de combustível está entupido ou muito sujo, também pode ser ajuste da altura da bóia do carburador mas acho difícil que seja.
Não sei se você está com ignição eletrônica, mas esses estouros são comuns quanto o motor está fora de ponto, também tive esse problema mas o sintoma era difernte do que você descreve, o motor começa a falhar só em alta rotação, era só tirar o pé que voltava ao normal.
Não entendi o que acontece quando você diz que "Porém, após alguns quilometros, o motor começa a engasgar e dá uns estouros, inclusive jogando o botão do afogador pra frente, como se eu tivesse puxado o mesmo e não mais "acelera".. Você está com carburador H34, certo ??? Se for, dá uma olhada se o mecanismo de acionamento do afogador, no carburador, não foi montado errado quando foi desmontado para trocar a bóia, aquele mecanismo é meio chato de montar e verificar também se a ponta do cabo do afogador foi presa corretamente no carburador, principalmente a ponta da capa que é fixada por uma chapa e um parafuso que espana com facilidade, pode estar solto ou montado errado e o defeito do acionamento do afogador estar aí .
Bom, acho que o prinicipal é issso, não tem muito o que causar esse tipo de defeito além da bomba e do carburador.
[]´s e Parabéns pro PAPAI !!!!!