Esse seu cardan é original do jeep ???
Se não for, o diâmetro do tubo pode ser exagerado e portanto pegar em algum lugar.
Se o cardan é o original, a sua suspensão pode estar com curso fora do normal, faltando os batentes de suspensão
Se a sua suspensão está com os batentes normais, pode ser problema de instalação do motor - coxins, posicionamento, etc....
E isso seria algo esperado pois o seu jeep é adaptado.
Nesse caso, deve-se estudar o que pode ser feito.