Hugo, esta é uma pergunta que não tem uma resposta simples. Não há "melhor" ou "pior", há mais conservado e mais maltratado, há também mais caro e mais barato.
Os modelos de 90 a 94 eram praticamente iguais, as diferenças (mod. 93 e 94) eram a ignição eletrônica (os mais antigos tinham platinado) e o carburador tipo Solex (Weber nos mais antigos). Entretanto, hoje pode-se encontrar, por exemplo, um 90 com ignição eletrônica, ou um 91 com carburador Weber 460 (nacional).
A partir de 95, as diferenças aumentam. O carro melhorou, com a troca do servofreio, com a mudança da relação de diferenciais (mais curta, o carro ficou mais "esperto"), com a tampa do porta-malas até o parachoque e um tampão, painel com instrumentos melhor iluminados, lanternas traseiras bem melhores.
Em 98, o Niva passou a vir com um motor 1.7 e injeção eletrônica. O mesmo ocorreu nos raríssimos modelos 99, que também tiveram eliminados os quebra-ventos.
De modo geral, recomendo a você procurar por um bom Niva, que você não deverá encontrar por menos de R$12.000. Eventualmente, pode ser melhor, por exemplo, comprar um 93 bem cuidado do que um 95 baleado. Eu tive um 90/91, comprado em 97 e vendido no ano passado. Em 2000, comprei um 98, com a intenção de vender o 90/91. Entretanto, este 98, embora não estivesse ruim, tinha problemas a serem resolvidos. Fiquei com os 2 Nivas por quase um ano, e acabei vendendo o 98, e ficando com o 90/91... Isto prova que nem sempre o mais novo é o melhor (embora esta seja, é claro a tendência).
Boa sorte!
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