Há muitos relatos "parecidos com o seu" no fórum... geralmente é o sensor de rotação.
Mas é complicado "chutar"; o ideal seria a testar a bobina e o distribuidor antes.
Já descartou as linhas de combústivel (Bomba, bicos, etc)?
O scanner utilizado era o DRB III? Os outros scanners podem deixar passar alguma coisa se for módulo...
Boa sorte!