Pelo que eu saiba quando a empresa é lucro presumido o ICMS (que para mim em SP era 18% para qualquer item, não sabia essa do combustivel) voce tem credito do ICMS que já foi bago ao comprar a mercadoria, assim no caso vai pagar basicamente somente o ICMS sóbre a diferença de preço que comprou e que esta vendendo (não é sobre o lucro pois na diferença tem todos os custos).
Na minha empresa que é Simples o calculo é diferente.