Como vc comentou que retificou "todo" o motor, trocou embreagem, etc...nao poderia ter alterado o balanceamento do motor? Pode parecer bobagem, mas quando andava com carro "preparado" onde aliviamos peso das peças do motor era comum, vibrações...só resolvia mandando fazer o balanceamento na retifica...são poucas que fazem. Motor diesel não sei se acontece isso.
Abraços