Possivelmente esse foi o motivo do motor parar, porque a presença de água no filtro e o acendimento da luz de advertência não deveria interferir imediatamente no funcionamento do motor.
Para fazer o motor funcionar, retire a mangueira que vai da bomba ao filtro e coloque a garrafa de diesel alimentando diretamente a bomba. Dê algumas partidas até a bomba puxar o combustível da garrafa e adquirir a pressão normal para injeção. Após o motor pegar, desligue-o, encha o filtro com diesel e reconecte todas as mangueiras. A partir daí será possivel ver o comportamento e diagnosticar eventual entrada de ar pelo cabeçote do filtro.