a pressão do sistema de freio é distribuída igualmente por toda tubulação. Ou seja, a pressão que chega a pinça traseira é a mesma que chega na dianteira. Como pressão é Força/área, se o diâmetro do pistão for muito grande a força aplicada no conjunto pode não ser suficiente para prensar o disco e pará-lo. Neste caso, seu freio traseiro realmente nunca funcionou corretamente e a solução é substituir as pinças por outras com pistões menores. Área menor proporcionaria força maior.
Outra coisa seria o curso dos pistões. Deslocando os pitões até o final de curso, eles encostam no disco? Se não, novamente, as pinças não são adequadas.
As pastilhas são só o element de fricção. Se as pinças estivessem bem dimensionadas, com menor ou maior eficiência, os discos iam parar. Se estivessem gastas, vc veria o nível do fluido baixar.
Tive uma Cherokee cuja pinça dianteira esquerda parou de funcionar. Quando desmontei o sistema, encontrei as vedações danificadas e o pistão travado com barro. Se vc nunca fez a troca complete do fluido de freio, a borra do fluido queimado dentro da pinça pode entupir a tubulação.
Em qualquer uma das hipóteses, vc só vai conseguir resolver desmontando todo o sistema e testando/eliminando cada uma das possibilidades.
Se vc estivesse em Curitiba, eu recomendaria um Mega Especialista em freios (Freios Brito). Os caras tem tudo. Adaptam freios Brembo de competição se vc quiser.
Abraço.