Se pretende terminar com o carro em perfeito estado aconselho começar pela mecânica, sempre há um descuido que pode acabar afetando a pintura e sem a parte mecânica também fica mais fácil avaliar o estado geral da lataria. Pelo que entendi não pretende arrancar a carroceria do chassi, por isso aconselho começar pela mecânica, mas se for arrancar a carroceria do chassi começa por ela, tira tudo de lataria, depois mecânica, reformo e remonta a mecânica, depois a lataria. Quando tudo isto estiver pronto aí você vai colocar o cara na trilha, vai riscar, amassar, encavalar o câmbio, entupir carburador e aí começa a outra história.
Boa sorte.