Boa noite! Para efetuar a troca vc deverá fazer uma alteração de dados no documento, paga-se uma taxa na Ciretran, comprova-se a procedência do novo motor (nota), passa pela vistoria e pronto! quanto a vender o motor boxer, sim terá que dar baixa, já que ele está cadastrado no sistema, apesar de não constar no CRLV...
espero ter ajudado, att.