Basicamente, o CJ será a melhor opção para trilhas pesadas (tem chassis, é muito espartano, portanto tem pouca coisa para quebrar e não vai dar pena se raspar a pintura ou amassar um paralama), mas não será uma opção boa para passeios e viagens, mesmo as mais curtas (capota de lona, baixa velocidade máxima, suspensão dura, desconforto total). Lembre-se também que é um carro muito velho, portanto sua manutenção será constante.
O Niva é mais adequado para trilhas leves, passeios por estradas de terra e viagens. Por ser monobloco, não é adequado para as trilhas pesadas. Além disso, por ser menos simples que o CJ (ele não é um jipe, é um automóvel 4x4, uma espécie de "pré-SUV"), tem mais coisas para serem detonadas. Por outro lado, ele é muito mais confortável e macio, é fechado (na chuva ou no frio, isto fará diferença). Sua manutenção, embora também deva ser atenta (as maioria dos nivas no Brasil tem cerca de 20 anos de uso), embora menos do que a do CJ, por ser o Niva bem mais novo que aquele. As peças, como você mesmo escreveu, podem ser obtidas em São Paulo, Rio, e outras cidades, via Sedex.
Portanto, fica aqui minha sugestão: pense bem na exata utilização que você pretende dar ao seu futuro 4x4. Se for para uso predominante em trilhas, talvez o CJ seja a opção mais indicada, mas se for para passeios e viagens, com trilhas leves e esporádicas, sem dúvida o Niva lhe servirá melhor.