Nesses projetos a gente só chega a um resultado ideal na base da tentativa e erro mesmo.
A utilização de caixas como apoio não recomendo pois poderia forçar o encosto do banco traseiro empenando ou quebrando o mesmo, quando dobrados não suportam muito peso sobre estes, pois não chegam a encostar no assoalho - ficam apoiados apenas nos pontos de fixação dos bancos, que não são tão fortes.
Uma sugestão (veja imagem abaixo)... mas só experimentando para ver se é viável, seria cruzar uma fita de carga (ou corda) sob a plataforma (representado na cor preta), presa aos apoios dos cintos de segurança dianteiros e traseiros, conforme exemplo abaixo (os pontos em vermelho representam os apoios dos cintos de segurança).
Quanto ao consumo da bateria pelo ventilador, as vezes nem é necessário o controlador de carga como sugeri... Se o consumo for muito baixo pode ser que nem interfira tanto na bateria do carro... Por exemplo, se o consumo do ventilador USB + conversor 12V p/ 5V (voltagem padrão do USB) for de 500 mA, em 8 horas irá consumir aproximadamente 4 amperes. Talvez nem chegue a descarregar tanto a bateria até o próximo ciclo de carga; só não pode é ficar ligado direto. Você pode pegar um voltímetro e ir medindo a redução de voltagem a cada hora, para se ter uma ideia. Ou se você conhecer um pouco de eletrônica pode montar um circuito bem simples que desacoplaria um relê, que cortaria a energia do ventilador caso a bateria baixasse para uma voltagem crítica (por exemplo, abaixo de 11V).
Boa sorte! Abraço