Fiz o motor do meu vitarinha a pouco tempo e uma coisa aprendi, motor feito nunca vai ficar igual ao original. Meu vitara ficou meio que falhando, como se alguma vela não tivesse queimando, ficava estancando quando frio, sem força... Sintomas parecidos com o seu.
A dica que eu dou é: leve sua viatura a alguém que entenda dos motores de vitaras, alguém que saiba regular bem ele. A regulação do motor será outra, pq o motor é outro e o cabeçote foi aplainado. Depois que fiz isso o meu está quase 100%, mas 100% denovo não ficará.
Quanto a esse esquente do seu,, isso é muito estranho, já que fez o cabeçote e trocou a junta. Verifique seu radiador, pode estar entupido... Eu abri o motor do meu pq a junta tinha queimado, assim, empenou o cabeçote. Se quiser fazer o teste... Com o carro frio, tire a tampa do radiador, ligue o carro e acelere, nãao precisa ser muito, se a água do radiador for jogada pra fora, como um jato, a junta está queimada.
Espero ter ajudado com minhas experiências, tive muita dor de cabeça pra ajeitar o motor direitinho, mas valeu a pena.
Abraço.