Primeiramente, é bom que você está pesquisando antes de comprar, e isso já é o início de toda boa compra.
Pesquisar e ter bem definido o que você espera de um carro te poupa decepções no futuro.
A grosso modo, todo mundo (inclusive eu) vai te dizer que entre estes dois, pra uso diário e trilhas leves, o melhor é o Vitara.
O Vitara é maior e mais confortável, enquanto ainda sendo ótimo pra trilhas leves. Quando eu digo maior, não pense em um carro grande. Pra fins de comparação, mesmo sendo maior que o samurai, ele ainda é menor que um Ford Ka da primeira geração, que já é um carro pequeno.
Em termos de consumo, não tenha muitas expectativas. Carros 4x4 dificilmente vão te dar um consumo de carro popular. Se você está confortável com algo em torno de 9km/l pra um carro original, aí tudo bem.
Nesse quesito o Samurai é um pouco melhor que o Vitara, mas não muito.
Sugiro que você pense um pouco mais no futuro, sobre o que pretende pro carro no "fim" do projeto, como você menciona.
Se você pretende ter um carro pra trilhas médias, com bloqueio traseiro e pneus até 31", ambos vão te custar praticamente a mesma coisa pra preparar. Se você pretende ir além disso, o Samurai é mais barato pra ir mais longe, chegando ao limite de pneus 33" ou 35" (com pé leve e muito conhecimento) antes de chegar no ponto de ter que trocar os eixos completos e motor.
Espero que tenha ajudado e boa sorte na escolha.