Tô meio na correria, então não vou ser muito detalhado na resposta.
Penso que o teu problema tem 90% de chance de ser mal contato (oxidação ou conector frouxo) no fio positivo que energiza o solenoide da bomba injetora. Esse solenoide tem a função de cortar o combustível quando perde a corrente (quando se desliga o jipe numa situação normal), então quando ocorre o mal contato por alguns segundos a impressão é de motor engasgando, pois ele corta e em seguida libera novamente o combustível. Outro possível problema (mais raro) relacionado a este solenoide é quando esse fio está muito curto e com a aceleração o motor se desloca, estica o fio e ocasiona o mal contato. Pesquise por solenoide da injetora ou positivo da injetora que vai aparecer muito material aqui no forum.
Os outros 10% de chances de ser a causa dessas engasgadas é combustível contaminado. Para descobrir se é isso, drene o sedimentador que fica na caixa de roda traseira (lado do carona). Se sair água ou sujeira, remova o copo mais limpá-lo por dentro e troque o filtro de diesel. Pesquise por drenar sedimentador ou limpar sedimentador que também resultará em muito material aqui no forum.
Se tiveres dúvidas, não deixe de perguntar (mas também não deixe de pesquisar), coloque fotos e faça apontamentos nas fotos com setas e coisas do tipo. Quando eu tiver mais tempo posto uma resposta mais detalhada para você!
Espero ter ajudado!
Grande abraço!
Gustavo Ullmann.