Creio que o problema pode estar relacionado a algum aumento da temperatura da câmara de combustão. Aliás a válvula EGR tem por estratégia exatamente diminuir a temperatura da câmara de combustão, por isso talvez não seja uma boa estratégia para estes motores eliminar a EGR.
Pode ser algo relacionado ao biodiesel também, pois até onde sei este motor não foi homologado para rodar com o Bio7.
Uma coisa é certa: Nenhum motor principalmente a diesel pode durar somente 100k km, pois o custo dele é muito alto quando novo e a manutenção é muito cara.
Isso somente corrobora com o que venho falando: Não vale a pena mais picape à diesel. Muito melhor é ter uma boa opção automático com um V6 de tecnologia mais moderna como os Ford Ecoboost ou mesmo GM americanos, mas andar de flex 4 cilindros muito obrigado, prefiro uma SUV usada V6 como a Santa Fé que substituiu minha Amarok.