Acredito que os coxins originais servem mas lembrese que sao um porcaria e que o novo motor sera mais pesado e tera muito mais forca e torque que vai acarretar num maior desgaste dos coxins . Eu coloquei o AP 2.0 no meu Niva mas coloquei coxins do caminhao mercedes usinados para ficar na mesma especifica'cao dos do Niva. Sao muito mais macios e muito mais duraveis, ficou uma beleza mas que fez foi o Rogerio que como voce falou e o criador do kit br2000. Acho que e possivel uma adaptacao feita em casa tudo e possivel mas lembro que o kit BR2000 tem muitos anos de parefeicoacao e que vai eliminar muita dor de cabeca no futuro presente. Lembro que ele ja tem a manha ja corrigiu os erros do passado. Liga pra ele antes de fazer qualquer coisa.
Quanto ao eixo nao precisa alongar nada mas lembro que como seu motor novo vai tem mais do dobro da potencia vai fazer o carro tremer todo por isso vale a pena colocar a homicinetica na caixa de transferencia.
Como diz a piada do tecnico de Geladeira: O parafuso a ser trocado custa apenas 1 Real mas saber qual o parafuso a ser trocado e um processo de varios anos de esperiencia e custa muito!!!

Boa sorte e se eu puder ajudar estarei por aqui do outro lado
Veja as fotos do meu perfil tem algumas do motor novo
Abracos
Sergio