Inicialmente qualquer mecânico deveria ser capaz de alinhar o eixo com a caixa de marchas, mas nem sempre encontramos mecânicos de confiança para isso. O alinhamento em si não deve ser um serviço muito caro, mas o prejuiso que a falta de alinhamento lhe trará sem dúvida será caro não só em relação a peças mas em transtorno tambem como uma quebra repentina em um lugar deserto.
Conclusão procure para esse serviço um mecânico especialista no assunto pois alinhamento de eixos pode se tornar muito dificil dependendo do grau de desalinhamento e só um especialista saberá como contornar o problema.
Abraço.