Eu já tive esse mesmo sintoma com vários carros flex, e sempre quando o clima estava frio que nem esta nestes dias. Lembro que a primeira vez levei na concessionária, deram uma geral no sistema de injeção e não apareceu nada. O cara da oficina, extra oficialmente, falou para mim; “os carros flex não gostam do frio”.
E pelo teu relato parece que o problema parou quando o carro esquentou.
Não sei se é o caso, mas fica a dica.
Abraços,