Já tive duas TR4, incluindo o modelo flex, e nunca vi esse problema nas portas, mas já aconteceu comigo o desalinhamento da tampa traseira - parece que era (...) um problema bem comum.
Deve faltar apenas algum ajuste - mas não me parece que tenha mudado em nada o recorte das portas traseiras. O que a concessionária disse a respeito?
Tente ligar no Sac da Mit, eles irão te atender.
É uma pena que os carros da Mit venham com essas "surpresas" - são veículos valentes. Hoje estou considerando outras opções.
Abraço.