Olá.
Tenho uma Pajero Full à diesel e, ontem, ela ficou sem bateria.
Chamei o seguro, deram a partida com bateria auxiliar, pegou, e por quase meia hora ficou com a luz do ASC OFF acesa.
Depois, com a carga um pouco reestabelecida, à luz apagou.
Dito isto, e relacionando com o seu problema, realmente, acredito que seja somente uma questão elétrica, como mencionou o mecânico.
Todavia, uma correta instalação do GNV não era para isto ocorrer, tanto que este tipo de problema não é comentado aqui no fórum.
Além disto, a oficina não lhe advertiu previamente sobre este inconveniente, certo?
Portanto, nem ela sabia que isto iria ocorrer.
Creio que seja o caso de exigir melhor adequação da adaptação do sistema GNV, sob pena de problemas maiores no futuro.