O vidro das portas (ou janelas) tem na sua base uma calha em "U" onde o vidro fica preso (fixado) no mecanismo da porta.
Ele (o vidro) deve ter se soltado desse "U"e por isso quando abaixa totalmente ele fica um pouco desencaixado, fazendo esse barulho (vibração).
Quando sobe um pouco ele encaixa novamente, parando o barulho.
Precisa abrir o forro da porta e fixar o vidro novamente.
Normalmente o vidro é colado (prensado) com uma manta bem fina de borracha nessa calha metálica.
A segunda hipótese é ter desgastado a roldana que corre dentro do guia da base da maquina da porta, onde se encaixa a peça que fixa a base do vidro.
De qualquer maneira precisará abrir o forro da porta para analisar as possibilidades.
Abraço.