Alexandre,
Além da ponta do eixo da cx de marchas, eu ainda olharia as cruzetas; (a imagem é "genérica").
Anexo 325860
Outra coisa: Antes de trocar a transferência eu troquei rolamentos na Cx de marchas...
Você chegou a testá-la?
Por exemplo, a minha, com a Cx de transferência em ponto-morto, eu ia acelerando o carro e trocando as marchas de 1ª à 5ª (e ele claro continuava parado). Assim, se algum rolamento da Cx de marchas estivesse ruim, dava para escutar sem a interferência da Cx de transferências.
Vamos trocando umas idéias que a gente acha o problema aí...
Abraço!