Se a instalação do som e o alternador são originais, e se os cabos e velas estão de acordo com as especificações, não deve ser interferência.
Verifique a fiação que o instalador do alarme "pegou". Veja se todas as conexões estão devidamente isoladas. Verifique a fiação do som e procure pelo terra (em geral, fio preto), veja se está conectado.
Um abraço!