Parece um pouco óbvio, mas, já testaram bateria e aterramento?:pipoca:
Versão Imprimível
Conseguimos resolver o problema da nossa Grand Cherokee (não é 99 mas pode ajudar).
Ela não reconhecia a chave e me deixava no prego porque cortava o Combustível ou até rodava, mas apitando a ausência de chave sem parar.
Trocamos uma série de coisinhas que diziam ser a origem do problema e nada.
Um belo dia, resolvemos trocar o controlador do vidro da porta, pois os botões estavam gastos e quando voltou da oficina, simplesmente o problema sumiu. Acabou o tormento.