O correto é levar o radiador a um especialista, que irá revisar o radiador, limpando-o e, se necessário, consertando o que estiver errado.
Entretanto, se você estiver "duro", e quiser se arriscar a tentar um método caseiro de limpeza, siga a "receita" abaixo:
Adicionar um litro de querosene à água do radiador e rodar por algum tempo (se o carro for de uso normal, uma semana é o suficiente). O querosene irá promover uma limpeza de todo o sistema, incluindo a válvula termostática, de forma pouco "traumática";
após o período acima, drenar todo o líquido do sistema, após esquentar o motor (para que a válvula termostática se abra e o líquido que está no bloco também seja drenado);
com o motor ligado (para que não haja risco de trincar o bloco do motor), encher LENTAMENTE o radiador, inicialmente com o dreno aberto (ou seja, o radiador não vai encher, mas a água suja e misturada com querosene irá sair do sistema), parando de vez em quando (para que haja tempo de se estabilizar a temperatura do sistema). ATENÇÃO AO INDICADOR DE TEMPERATURA, NÃO DEIXE SUBIR DEMAIS! Quando a água que sai do sistema estiver límpida, fechar o dreno e encher LENTAMENTE o radiador, sempre com o motor em funcionamento.Quando o radiador estiver quase cheio, despejar novamente um litro de querosene. Rodar novamente com o carro por algum tempo;
se necessário (normalmente não é), repetir o procedimento acima mais uma vez. Se não for necessário, esvaziar o sistema todo e, com o dreno do radiador aberto, deixar sair o líquido, até que o este saia límpido. Fechar o dreno e encher o radiador, adicionando um bom aditivo de radiador (eu uso o Radcool, mas em dose um pouco menores que as indicadas pela Bardahl).
Se tudo foi bem feito, haverá tranqüilidade por um bom tempo!