Sem dúvida o filtro redondo é bem mais eficiente, não só pela área bem maior, que favorece o desempenho do motor, mas também o efeito ciclone, que afasta as partículas mais pesadas do elemento filtrante. E é mais indicado p/ uso pesado.
Com relação ao filtro quadrado, acho que ele não filtra menos que o redondo, acredito sim que precisa ser trocado em intervalos menores.