Troque o filtro de combustível;
Se entrou água pros cilindros, deveria ter desmontado o motor inteiro pra verificar;
Pelo que você falou, o problema provavelmente está na BI (provavelmente está com baixa pressão de vazão)... mas é possível também que a perda de força se deu pela entrada de água no motor (não dá pra saber sem olhar...)