http://www.4x4brasil.com.br/forum/tr...ngd-3-0-a.html (Reprogramação e Chips - NGD 3.0)
Esse tópico entre muitos outros aborda um pouco do assunto.
Basicamente a escolha vai depender de quanta potência você pretender alcançar.
Falando de forma simplificada, remapeamento é escrever em cima do software original do carro ou simplesmente deletar o software original e instalar um novo de forma que você vai ter um sistema complexo feito por algum fabricante, esse sistema costuma ter vários mapas e controla de forma geral o funcionamento do motos, ou seja ele controla de maneira totalmente nova o seu motor, interpretando e respondendo a dados como temperatura, pressão do coletor, injeção de diesel e gases no escapamento de forma totalmente diferente da original. Todas essas modificações vão te permitir alcançar uma performance muito alta.
Já os famosos chips que normalmente se tratam de um sistema de piggyback(uni chip) ou algo do gênero, são basicamente pequenas caixinhas que são colocadas manualmente entre os sensores do seu motor e sua central de injeção, normalmente eles são simples resistores que permitem uma alteração do sinal que vai do seu sensor até sua central. Por exemplo se antes o sensor lia os gases do escapamento como 5x e a central recebia essa informação, agora ele vai ler 5x porém quando a informação estiver a caminho da central o "chip" vai alterar para 2x. Dessa forma a central "percebe" de forma errada e interpreta que pode mandar mais combustível pois os limites de emissão ainda não foram alcançados(fato que é mentira).
Normalmente os chips em sequencia não alteram o funcionamento da sua central como um todo, logo eles possuem uma limitação em termos de performance. Outro questionamento é que os mesmos são relativamente muito caros para uma eletrônica muito simples(normalmente resistores). A vantagem é que são de fácil remoção e instalação em outros veículos, além disso não exigem que você leve seu carro em uma loja com um computador de alta tecnologia que possa remapear sua central.
Basicamente é isso.
Abraços