Quanto ao motor é o mesmo. No 3rz-fe, a gasolina 4 cilindros, modelo que conheço mais, o motor tem ligeiras diferenças com relação a distribuidor e bobinas. Mas pára por aí. ( 97 - 1 bobina , 99 - 1 bobina por par de velas, 2001 - bobina integrada ). No V6 acredito que não houve essa variação.
O grande lance da 4Runner da 97 em relação a 2001 nos EUA é que lá venderam uma versão da V6 DLX com bloqueio 100% selecionável traseiro. Nunca ouvi falar de uma dessas no Brasil. A minha é DLX mas as DLX 97 a única diferença é o acabamento, pneus grandes e air bag. Pesquise a respeito. Quem sabe você é o felizardo com relação a 2001 com bloqueio traseiro 100%.
Boa sorte