Se vc drenou o filtro e tinha água, então é o combustível mesmo!!
O correto é trocá-lo e não só ficar drenando a água!!
Os bicos podem estar começando a entupir tbm...ou todo o caminho do diesel pode estar criando gomas já!!
Coloca um pouco mais de meio tanque de diesel no reservatório e coloca 1L de querosene e seca esse tanque!!
Depois disso troque o filtro de combustível...vai dar uma boa limpada no sistema todo!!
OK?!
Eu costumo fazer isso a cada 4 ou 5 tanques cheios de diesel usados e nunca tive problemas com isso!!
Grande abraço!