Achei o problema de batida: é da parte inferior da CT que fica muito próxima do cárter de proteção dela (a chapa em diagonal) e que bate nela após ser sacudida pelas irregularidades da rua.
Dá para ouvir claramente o barulho as 00:04 e 00:15.
Coloquei para testar um pedaço de borracha entre os dois e o barulho sumiu.
Como já disse, acabei de trocar os dois coxins dianteiros do motor. Com os novos, o motor ficou um pouco mais alto do que erá (um dos coxins estava destruído) e com isso o conjunto motor/CA/CT ficou um pouco mais inclinado, abaixando a traseira da CT, daí o espaço menor entre as duas peças.
O coxim traseiro parece bom e não tem trincas mas provavelmente, devido à idade, a altura dele não deve ser mais aquela que deveria ter e deixa o conjunto CA/CT mais baixo.
Mais uma peça para trocar...